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一定トルクで締め付けていてネジバカが発生する場合、トルク設定さえやり直せば問題が解決すると決めつけるのは危険です。
書き込まれた内容からネジバカが発生する原因になりうるのは

・締め付け工具の動作のバラツキ
・締め付け工具の使い方のバラツキ
・複数の工具を使っている場合は工具の器差
・ネジ座面にかかる摩擦のバラツキ
・メネジのネジ山の出来具合のバラツキ
・オネジの出来具合のバラツキ

などが思い浮かびます。
市販のネジ・ボルトをお使いであれば
・オネジの出来具合のバラツキ
の影響が一番小さいと思われます。
その次に影響が小さそうなのは
・ネジ座面にかかる摩擦のバラツキ
でしょうか。
残る４つは検証すべきかと思います。

・締め付け工具の動作のバラツキ
・複数の工具を使っている場合は工具の器差
　→（可能なら）トルクアナライザーなど検査機器でチェック
・締め付け工具の使い方のバラツキ
　→たとえば工具のクラッチの空回りのさせ方に大きなバラツキが無いかどうかチェック
・メネジのネジ山の出来具合のバラツキ
　→とりあえず下穴径のバラツキをチェック

実際にバラツキ（ネジバカの有無）が発生しているわけですので、バラツキの原因や程度を検証する方が先ではないでしょうか。特にメネジの出来具合のバラツキが大きい場合はトルク設定の変更で対処すべきではありません。

また、トルク設定できる工具で最後まで締め付けること以外に、工具を手前のトルクに設定してそこからさらに手で有る程度の角度を締めつけるような方法も考えられますので参考にしてください。